Согласно ботанико-географическому районированию Кемеровской области А.В. Куминовой описываемая территория относится к Инско-Томскому лесостепному району.
На распределение естественных типов сообществ, представленных на территории ботанического сада, большое влияние оказывает рельеф. На пойменных участках, расположенных между р. Томь и озером Суховским, представлены мелколиственные леса, заросли кустарников, различные варианты пойменных лугов, в том числе и заболоченных. Осиновые леса по составу древесного яруса являются либо однопородными, либо характеризуются примесью Betula alba, имеется подрост осины. В подлеске и кустарниковом ярусе представлены: Viburnum opulis, Salix triandra, Caragana frutex, Ribes nigrum, Spiraea media, Rosa acicularis. В состав травяного яруса входят: Athyrium filix-femina, Equisetum pretense, Equisetum sylvaticum, Thalictrum minus, Aconitum volubile, Urtica dioica, Aegopodium podagraria, Corydalis bracteata, Viola uniflora, Milium effusum, Calamagrostis purpurea, местами массово встречаются Trollius asiaticus и Cuscuta europaea. Обширные участки пойменной части заняты ивняками (Salix alba, Salix triandra) с участием Humulus lupulus, Ribes nigrum, Urtica dioica. Заболоченные березняки представлены на участках с близким залеганием грунтовых вод. Для этих березняков характерна закочкаренность (кочки образованы Carex cаespitosa), подрост березы выражен слабо и часто усыхающий, в подлеске Padus avium, Salix triandra. Также встречаются: Equisetum palustre, Filipendula ulmaria, Urtica dioica, Phragmites australis, Phalaroides arundinacea, Lysimachia vulgaris, Stellaria graminea.
Размещение пойменных лугов связано со степенью увлажненности и дренированности почв. По логам развиты низинные, часто заболоченные осоково-злаковые луга, которые в силу избыточного увлажнения и кочковатости имеют относительно бедный видовой состав, из растений, произрастающих на кочках Carex cаespitosa, наиболее обильны: Filipendula ulmaria, Galium palustre, Cicuta virosa, Ptarmica salicifolia, Vicia cracca. Низкие уровни дренированных приречной и центральной зон пойм заняты крупнозлаковыми лугами из Phalaroides arundinacea, Alopecurus pratensis, Bromopsis inermis, которые по мере увеличения застойного увлажнения замещаются осоковыми с преобладанием Carex acuta, Carex atherodes, Carex disticha и др.
Первая надпойменная терраса занята разнотравными суходольными луговыми сообществами, иногда с разреженными зарослями боярышника, калины, небольшими участками березовых, березово-осиновых и осиновых лесов.
Такие особенности климатического режима района исследования как достаточно продолжительный теплый вегетационный период, непромерзающий (или неглубоко промерзающий в отдельные годы) почвенный покров из-за мощного слоя снежных наносов обеспечивают широкий экологический диапазон местообитаний луговых сообществ. Луговые сообщества можно встретить не только на выровненных участках, но и на склонах разных экспозиций, у подножий увалов, в логах. Основными доминантами являются Dactylis glomerata, Phleum рratense, Festuca pratensis, Elytrigia repens. Из разнотравья чаще встречаются: Galium boreale, Galium verum, Phlomis tuberose, Veronica longifolia, Lathyrus pratensis, Trifolium lupinaster, Vicia cracca, Vicia sepium, Sanguisorba officinalis. Красочность луговым сообществам, развитым по склонам ручья, придают: Aconitum barbatum, Delphinium retropilosum, Veratrum nigrum, Filipendula ulmaria, Origanum vulgare. Местами развит кустарниковый ярус из Spiraea media и Rosa majalis.
Березовые леса из Betula pendula не образуют больших массивов и встречаются небольшими участками. Кустарниковый ярус в березовых лесах развит слабо и образован небольшим числом видов: Rosa majalis, Rosa acicularis, Caragana frutex, Viburnum opulis, Rubus idaeus. Основная черта видового состава травяного ярус – господство растений бетулярного ценоэлемента, составляющего ядро фитосоциологической группы (Rubus saxatilis, Lathyrus pisiformis, Agrimonia pilosа, Vicia sepium) и лугового ценоэлемента (Poa angustifolia, Sanguisorba officinalis, Lathyrus pratensis, Achillea millefolium, Vicia cracca, Geranium prаtense). Доминирующие злаки: Dactylis glomerata, Festuca pratensis, Calamagrostis epigeios. Весной дают аспект такие виды, как Ranunculus monophyllus, Viola uniflora, Anemonoides caerulea, Corydalis bracteata. Часто в большом количестве развивается Pteridium aquilinum, местами образуя почти чистые заросли. Для более мезофильных участков березовых лесов характерен слабо выраженный кустарниковый ярус и густой равномерный травяной ярус, где постоянны и доминируют следующие виды: Rubus saxatilis, Brachypodium pinnatum, Calamagrostis arundinacea, Рulmonaria mollis, Carex macroura, Crepis sibirica, Lathyrus gmelinii, Euphorbia lutescens, Bupleurum aureum.
Смешанные березово-осиновые и осиновые леса характерны для влажных и избыточно влажных местообитаний с богатыми почвами. Их произрастание связано с отрицательными элементами рельефа – хорошо увлажненными и способными сохранять высокую влажность на протяжении вегетационного периода нижними частями склонов северных экспозиций, оврагов, балок, ложбин. Кустарниковый ярус представлен единичными экземплярами Rosa acicularis, Viburnum opulis, Padus avium. В травяном ярусе представлены мезофильные и гигромезофильные виды: Cacalia hastata, Aegopodium podagraria, Equisetum pratense, Equisetum sylvaticum, Athyrium filix-femina, Matteuccia struthiopteris.
По берегам озера Суховского развиты околоводные сообщества, в состав которых входят: Equisetum fluviatile, Eleocharis palustris, Scirpus lacustris, Scirpus sylvaticus, Scholochloa festucaceae, Carex rhynchophysa, Carex pseudocyperus, с участием Alisma plantago-aquatica, Typha latifolia, Butomus umbellatus. В воде и по берегу озера встречаются Potamogeton natans, Acorus calamus, Hydrocharis morsus-ranae.
На прибрежных участках ручья, впадающего в озеро, формируются своеобразные сообщества из Padus avium, Salix alba, Salix triandra, Angelica decurens, Heracleum dissectum, Urtica dioica.
Обширные пространства первой зоны представляют собой залежи, где в массе представлены сорные и рудеральные виды. Наиболее часто встречаются такие виды как Elytrigia repens, Medicago falcata, Euphorbia virgata, Berteroa incana, Taraxacum officinale, Lepidium densiflorum, Lepidium ruderale, Sisymbrium loeselii, Polygonum aviculare, Plantago media, Achillea millefolium, Cichorium intibus, Trifolium repens, Arctium tomentosum, Artemisia vulgaris, Capsella bursa-pastoris. Особую группу составляют сорные растения посевов, из которых большей встречаемостью отличаются: Convolvulus arvensis, Chenopodium suecicum, Chenopodium album, Cirsium setosum, Sonchus arvensis, Galeopsis bifida, Galeopsis speciosa, Fumaria officinalis, Echinochloa crusgalli.
В результате проведенных исследований было выяснено, что флористическое разнообразие изученной территории составляет 312 видов высших сосудистых растений, относящихся к 62 семействам и 210 родам.
Сосудистые споровые растения (хвощи, плауны, папоротники) представлены 10 видами, из них папоротников – 3 вида.
Как показывают проведенные исследования, на территории Кузбасского ботанического сада представлены сообщества, находящиеся на разных стадиях антропогенной трансформации. За последние годы отмечено сокращение численности многих видов: Trollius asiaticus, Pteridium aquilinum, Paris quadrifolia, Veratrum nigrum, Aconitum barbatum, Delphinium retropilosum, Gentianopsis barbata, Iris ruthenica и др. Это обуславливает необходимость создания локальных заповедных зон с целью сохранения основного ядра флоры.
